一、民國53年基督復臨安息日會華南海島聯會創校，校名為「三育聖經學校」，校址設於屏東大津，董事會敦聘顏榮哲博士擔任首任校長。

二、民國53-67年董事會敦聘顏榮哲牧師、紀萬鎮牧師、梁正雄牧師為歷任校長。

三、民國68年三育聖經學校遷校至南投縣魚池鄉現址，與三育基督學院整合使用52公頃廣大校園，敦聘艾約翰牧師擔任校長。

四、民國70-72年遴請徐精一院長兼任校長。

五、民國73-74年遴請黃少輝院長兼任校長。

六、民國75-81年遴請卓甫剩院長兼任校長。

七、民國81-82年敦聘胡宗怡女士擔任校長。

八、民國83-88年敦聘黃家強博士擔任校長。

九、民國88年新建中學教學大樓落成啟用。

十、民國89年敦聘胡宗怡女士回任校長。

十一、民國90年8月本校奉南投縣政府教育局核准設立為實驗學校，校名為「三育實驗完全中學」。董事會敦聘陳廣惠博士為實驗學校首任校長。

十二、民國92年3月敦聘黃家強博士擔任校長。

十三、民國94年8月由吳映卿女士代理校長。

十四、民國95年3月敦聘陳慕華先生擔任校長，8月奉教育部核准立案為體制學校，校名為「南投縣私立三育高級中學」。

十五、民國96年8月-97年1月由學務主任施素霞代理校長。97年2月由總務主任胡宗怡代理校長。

十六、民國97年8月董事會敦聘陳忠照先生為立案後首任校長。

十七、民國99年8月敦聘蕭惠蘭女士擔任校長。

十八、民國102年8月敦聘劉嘉雄先生擔任校長。

十九、民國105年4月敦聘朱燕武先生任職校長。

二十、民國109年2月敦聘劉嘉雄先生任職校長。